医学博士，博士生导师，2007年获聘二级教授，一级主任医师。现为中国科学技术大学临床医学院执行院长、中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院）副院长。兼任亚洲分子糖尿病学会副主席，中华医学会糖尿病学分会名誉主任委员，广东省精准医学应用学会会长；《中华糖尿病杂志》总编辑， 英国Diabetes Metabolism Research and Reviews 共同主编。

作为内分泌与代谢病国家重点学科带头人，翁建平对糖尿病早期防治、特殊类型和家族遗传性糖尿病及其并发症等有丰富的临床经验和深厚的学术造诣。他牵头制定《糖尿病早期胰岛素治疗国际共识》和《中国2型糖尿病防治指南 2013》，改变了糖尿病治疗理念与治疗方式。在国际权威学术期刊发表多项研究成果，发表英文论文150余篇、中文论文 200余篇，合计总引用频次约5000次。

曾获国家杰出青年基金资助和国家科学技术进步奖二等奖，是中山大学首批中山名医和首批5位卓越教授之一，曾被授予“卫生部有突出贡献中青年专家”和“教育部新世纪优秀人才”。